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	Podcast:		NeuroRadio
	Episode:		#59 Minds Meet Weeds - Part 1
	Category:		Science & Medicine
	Duration:		02:46:54
	Publish Date:		2023-07-11 01:38:55
	Description:		Salk Institute のEckerラボで宿主-微生物相互作用研究とゲノミクス技術開発を行っており、来年夏からイギリスのThe Sainsbury Laboratoryで独立予定の登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)がゲスト。植物を研究対象としたきっかけ、マックスプランクでのPhD3部作、ポスドクでの3部作の解説、近年のSpatial Transcriptomics技術開発トレンドに関するディスカッション。後半に続く (6/22収録) Show Notes (番組HP): 登さんHP NRのトランスクリプトーム回 EP4 EP5 Eckerラボオンライントークその１その２その３ (おすすめby登) 津田ラボ（現華中農業大学大学）津田先生放射線植物生理学研究室セシウム蓄積に関する研究その１その２その３フランス政府の給費留学留学したフランス原子力庁のラボ Max-Planck Institute for Plant Breeding Research Köln (Cologne) ケルシュ PhD時代の植物-微生物相互作用三部作その１：植物免疫による微生物への影響、RNA版登さんによる植物の免疫系に関するレビューその1 その2 IlluminaのRibo-Zero (ディスコン：植物用のものが製造終了) 根腐病 PhD三部作その２：Multi-omics版 PhD三部作その３：異なる微生物への植物の応答と、微生物への影響の違い野性のシロイヌナズナから単離した微生物のコレクション植物と動物のマイクロバイオーム鉄（栄養）を使った免疫葉っぱは疎細胞壁 III型分泌装置植物の共生 EMBOの新米PI用ワークショップ Eckerラボからマウス脳でsingle nucleusメチローム、Science 2017 ポスドク応募時に書いたメールについて脳メチロームその１その２その3 その4 その5 他多数 UPennでやったエチレン研究その１その２その３他多数シロイヌナズナ全ゲノム解読論文植物へのMicroarray シロイヌナズナのT-DNA変異体ライブラリ、Salk Line Eckerキャリアインタビュー（2007年時点）ゲノムワイドなメチル化アッセイ in 植物 In Human ENCODEでのJoeのトーク Ecker in HHMI Ecker in BICCN Ecker in BICAN プロトプラスト Full ProfessorのStudy Salk InstituteでのSymphony ポスドク三部作その１：Seed-to-seed single nucleus atlas ポスドク三部作その２：感染時の植物のMulti-omics + MERFISH ポスドク三部作その３：PHYTOMap Bing RenラボのBICCN論文転写物分布だけで細胞のセグメンテーション、先行研究植物の細胞セグメンテーション vizgen MERSCOPE SeqFISH Long Cai BacteriaをターゲットにしたSeqFISH STARMap Xiao Wang Sten LinnarssonではなくMats Nilssonでした！ HybISS Sequence-by-ligation、例えばこれ Sequence-by-synthesis アムホテリシンB Expansion Microscopy + Spatial Transcriptomicsの仕事 FISSEQ Harvard Fellow NanoString 10x Genomics EASI-FISH Paul Tillberg EEL-FISH 各神経の投射をバーコードで標識してSpatial Transcriptomics Slide-seq Evan Macosko Fei Chen Slide-Tags INSTA-seq Je Lee (現Ultivue) DBiT-seq CUT&Tag 開発したRong Fan 最近の無双 Spatial ATAC-seq, Spatial CUT & Tag, Spatial CITE-seq Pixel-seq Stereo-seq 最近NanoStringを10xが訴えた登さん新ラボのアナウンスメント from TSL Janelia Fluor Quantum Dot Editorial Notes: これまでの短いキャリアを振り返って、月並みですが人・環境に恵まれていたなと感じさせられました。宮脇さん萩原さんともそのうちリアルでお会いしたいです。ケルシュ飲みいきましょう！（登）次会えそうな時は感染症に気をつけます！ (脇) そういえばNanoString本社の隣に住んでます (萩)
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