KNS022 – Ameise-Pilz-Problem

Diese Folge ist total biologisch. Irgendwie finden wir dieses Feld ziemlich spannend, und das spiegelt sich in der Selektion von Themen wieder. Deshalb haben wir das wohl studiert (Aber auch Chemie!). Wie soll man aber auch der Entschlüsselung von Genomknäueln widerstehen? Oder der Nutzung von niedrigenergetischen Lasern, um die körpereigene Regeneration von Zähnen anzuregen, die vielleicht in Zukunft die dem Menschen ureigenste Angst vor Zahnärzten nehmen kann. Darüber hinaus sprechen Katrin und Mariëlle über Landwirtschaft jenseits des Menschen und über die steigende Rate der Entdeckung neuer Haiarten - bei gleichzeitiger Abnahme der Populationen. Dazu kommt noch ein Nachtrag zur Scientific Writing Software sowie eine laaange Liste von Empfehlungen, teilweise aus (so gut wie fast noch) nie zuvor empfohlenen Kategorien. Viel Spaß beim Hören!

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	Katrin			Katrin @ KNS022 - Ameise-Pilz-Problem
	Mariëlle			Mariëlle @ KNS022 - Ameise-Pilz-Problem

Sendungsnotizen

Wissenschaftsnachrichten

Genomkonvolute entknäueln

• Beitel CW, Froenicke L, Lang JM, Korf IF, Michelmore RW, et al. (2014) Strain- and plasmid-level deconvolution of a synthetic metagenome by sequencing proximity ligation products. PeerJ 2: e415. (Interview dazu)
• Problem: viele Mikroorganismen nicht kultivierbar => keine reine DNA für “saubere” Sequenzierung
• Lösung: Metagenomik = Analyse aller Genom in einer (Umwelt)Probe
• Variante: Shotgun Sequencing (Craig Venter) = DNA fragmentieren, getrennt sequenzieren & Ergebnis in silico assemblieren
• Vergleich: Identifizierung geschredderter Bücher erleichtert durch lange contigs & verschiedene Papierarten
• Problem: Vermischung von Chromosomen & Plasmide verschiedener Zellen & Verlust der Kontiguität; Verwirrung durch horizontalen Gentransfer (Vergleich: plagiarisierte Textstellen)
• High-throughput chromosome conformation capture (Hi-C) = Fixierung von DNA & Proteinen mit Formaldehyd, Ligation räumlich naher DNA-Moleküle, getrennte/parallele Shotgun-Sequenzierung der Ligationsprodukte
• Vergleich: Bücher vor’m Shreddern nach Autor sortieren
• Ergebnis: Erfolgreiche Ko-Sequenzierung von Plasmiden & Bakterienchromosom => Welche Spezies verteilen Antibiotikaresistenzen & Virulenzfaktoren?
• Guardian Science Weekly über Antiobiotika

Laser, die auf Zähne leuchten

• Arany et al. (2014). Photoactivation of Endogenous Latent Transforming Growth Factor − β 1 Directs Dental Stem Cell Differentiation for Regeneration. Sci Transl Med 6 , 238ra69
• Einsatz von niedrigenergetischen Lasern zum Anregen der Zahnregeneration
• Regeneration ist ein viel erforschtes Thema, denn es ist eine verlorene Eigenschaft (Frösche und Lurche können zB ganze Gliedmaßen regenerieren, sowie Eidechsen ihren Schwanz)
• Induktion lokaler Stammzell-Populationen über latentes TGF-β
• Wie funktioniert das? Ganz grob: Licht -> radikale Sauerstoffspezies -> vermehrte Produktion von  latentem TGF-β -> Differenzierung dentaler Stammzellen zu Dentin-produzierende Odontoblasten -> Geweberegeneration der Zähne
• Funktioniert mit menschlichen dentalen Stammzellen in Kultur, sowie in Ratten
• Beginn der Stammzell-Soap bei Methodisch Inkorrekt!

Wer farmt denn da?

• Landwirtschaft = spezialisierte Symbiose bzw. obligater Mutualismus
• Borkenkäfer (holzbrütende tragen Pilzsporen im Mycangium), höhere Termiten & Blattschneiderameisen
• Mehdiabadi NJ, Mueller UG, Brady SG, Himler AG, Schultz TR (2012) Symbiont fidelity and the origin of species in fungus-growing ants. Nat Commun 3: 840
• Ameisenart kultiviert immer gleiche Pilz(unter)art (“Kultivar”)
• Artneubildung stets bei beiden Partnern => Was zuerst? Kein Kultivarwechsel ohne Ameisenartenstehungen, also treibt Pilz die Artbildung
• Außerdem: spezialisierte parasitische Pilze, gegen die bakterielle Symbionten der Ameisen Anbiotika bilden
• Jon Clardy

Das Schwinden und Mehren der Haie

• Randhawa, Poulin & Krkošek (2014). Increasing rate of species discovery in sharks coincides with sharp population declines: implications for biodiversity. Ecography 37: 001–012
• Wie viele Haiarten gibt es? Momentan etwa 500 Arten, doch es werden jährlich mehr!
• Ab 1758 wurden etwa 2 Arten/Jahr beschrieben, ab 1986 5 Arten/Jahr, und seit 2000 etwa 8 Arten/Jahr -> ein Ende ist noch nicht ab zu sehen!
• Artenzuwachs kommt vor allem durch molekulare Methoden (auch kryptische Artbildung) sowie Tiefseefischerei zustande. Apropos Tiefsee: Chimaeren
• Zugleich nehmen die Populationen drastisch ab; viele Arten sind bereits vom Aussterben bedroht, zumal einige Arten in mehrere aufgespalten wurden
• Publikation über die Zählung von Weißen Haie vor Kalifornien: Chapple et. al (2011). A first estimate of white shark, Carcharodon carcharias, abundance off Central California. Biology Letters
• Generell ist auch die Angst vor Haiattacken nicht sehr gerechtfertigt
• wichtige Rolle vor allem großer Haie (Apex-Predatoren) im Ökosystem: Populationskontrolle von Mesopredatoren
• Nature Podcast über Wölfe als Toppredatoren

Nachtrag zu KNS019: Advanced Scientific Writing (Software)

• Sedu schlägt Papyrus Autor vor
• keine kontext-sensitive Wortempfehlungen
• weiterhin: LibreOffice-plugin FTW!
• SCIgen-eriert ganze Artikel

Empfehlungen

• Learn Python the Hard Way & Command Line Crash Course
• Episodenserie “Higher Ed” bei Radio Open Source: Where Does All That Money Go?, Derek Bok [2-facher Präsident von Harvard]: The View from the Top, Hacking Higher Ed / The New U, Sebastian Thrun: MOOCs, Angry Birds, and Lifelong Learning, Who Needs College Anyway?, Higher Ed By The Numbers & What’s the Matter with College
• Nachtrag zu KNS017: Data mining nun einfacher in UK & ContentMine blog
• Desktophintergrundbild: 50 Years of [Space] Exploration
• Guardian Science Weekly vom 6. Mai über Evolution auf den Galapagosinseln
• Interview mit Prof. Galizia über Krebserkennung durch Fruchtfliegen

Hausmeisterei

• Vielen, vielen Dank für Eure Spenden => Hosting– & Auphonic-Kosten gedeckt :-)

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