KNS032 Emotional Verdoktorarbeiten

Was man in einem Jahr so alles schaffen kann! Zum Beispiel zwei Doktorarbeiten abgeben. Wir berichten ein bisschen von dem Prozedere und unseren Forschungsergebnissen. Ob wir es schaffen, uns so langsam wieder ins Verpodcasten von Wissenschaftsnachrichten reinzufinden, dürft ihr entscheiden!

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Cohost sapiens
	Katrin			Katrin @ KNS032 Emotional Verdoktorarbeiten
	Mariëlle			Mariëlle @ KNS032 Emotional Verdoktorarbeiten
	Henry			Henry @ KNS032 Emotional Verdoktorarbeiten

Sendungsnotizen

Doktorarbeiten abschließen

• Mariëlle hat abgegeben & Post-Doc-Antrag eingereicht
  • Ausbreitung von Krankheiten wie in KNS014 – Seesternzombies
• Katrin: Characterisation of biotic interactions between a Dyadobacter strain and the diatom Achnanthidium minutissimum (GitHub-repo)
  • Identifizierung von Zellen in Licht- & Scanning-Elektronenmikroskopie & Vorschlag eines Modells zur Kapselbildung (höre KNS028 & KSL001)
  • keine Identifikation von chemischen Substanzen, die Biofilm- & Bewegungsverhalten von Kieselalgenzellen beeinflussen
  • Teilroboterisierung eines Biofilm-Assays & Automatisierung der Auswertung mittels KNIME
    • Mikrotiterplatten + händisches Pipettieren = steigende Schwierigkeit & längere Arbeitszeit
    • Kristallviolett färbt Zellwände & Biofilmstrukturen, muss aber hergestellt, exakt dosiert &
    • Handarbeit beschränkt Zahl der testbaren Substanzen, Verdünnungsstufen, Zelllinien, etc. => geringere statistische Aussagekraft
    • Ergebnis: 10-15min Geräte-bedienen statt 30-45min Handarbeit & Biofilme trotzdem noch unterscheidbar & sogar ohne Färbung
• Doktorarbeitsprojekt meist Teil eines gemeinschaftlich bearbeiten Forschungsgebiets, aber wenig direkte Teamarbeit (sondern “Arbeitsgruppe”), aber: direkte Vorgänger*innen & Nachfolger*innen
• Doktorarbeit ja oder nein oder abbrechen? Datenerhebung in BW

 Das Ende des p-Werts?

• Wasserstein RL, Lazar NA. The ASA’s statement on p-values: context, process, and purpose. The American Statistician. 2016; 129–133. doi:10.1080/00031305.2016.1154108
• p-Werte sind problematisch, aber weit verbreitet: “We teach it because it’s what we do; we do it because it’s what we teach.”
• schließende Statistik: Annahmen über die wahren Werte der Grundgesamtheit treffen
• Test-Theorie kann Aussagen über den “Wahrheitsgehalt” dieser Hypothesen treffen
• In der Test-Theorie gibt es zwei wichtige Arten von Fehlern:
  • alpha-Fehler: Verwerfen der Nullhypothese, obwohl diese der Wahrheit entspricht (false-positive) -> alpha-Schwellwert
  • beta-Fehler: Beibehalten der Nullhypothese trotz Nicht-Zutreffen
• Was ist die Kritik der ASA am momentanen Verhalten von Wissenschaftlern, und der Nutzung des p-Wertes?
  • 1) P-Werte können aufzeigen, wie wenig kompatibel die erhobenen Daten mit den zugehörigen Tests sind.
  • 2) P-Werte verdeutlichen nicht die Wahrscheinlichkeit, dass eine Hypothese wahr oder falsch ist.
  • 3) P-Werte sollten nicht die Grundlage für Schlussfolgerungen, oder politische Entscheidungen sein.
  • 4) Saubere Deduktion erfordert saubere Dokumentation.
  • 5) P-Werte messen nicht die Größe eines Effektes.
  • 6) Ein P-Wert ist keine gute Messgröße für den Beweis eines Modelles, oder einer Hypothese.
• Robert McGill, John W. Tukey, Wayne A. Larsen (1978) Variations of Box Plots (The American Statistician) DOI: 10.1080/00031305.1978.10479236

Organe patchen mittels CRISPR/Cas9-Multiplexing

• Luhan Yang, Marc Güell, … George Church (2015) Genome-wide inactivation of porcine endogenous retroviruses (Science) DOI: 10.1126/science.aad1191 (via)
• endogene Retroviren (ERV) erschweren Transplantation von Schweineorganen (siehe KNS019: Blutleererer, unterkühlter, metabolischer Stillstand)
• nicht rauszüchtbar; in vivo Übertragbarkeit unklar
• Risiko: Insertion der ERVs in Gene des Transplantatempfängers
• Sequenzanalyse => 62 virale reverse Transkriptasen im Genom einer Schweinenierenzelllinie
• 2 gRNAs gegen konservierte, katalytische Zentren der viralen Gene => max. 37% ERVs editiert
• FACS nach hocheffizient editierbaren Ausgangszellen => Wiederholung der Cas9/gRNA-Behandlung => mehrere Klone mit 100% zerstörten RTen
  • Karyotypisierung => keine Chromosomenveränderungen oder -instabilitäten
  • keine detektierbare RT-Aktivität in vitro
  • Sequenzierung menschlicher Nierenzelllinie (Wildtyp: 1 ERV pro Zelle) nach Kontakt mit den porzinen (editiert vs. Wildtyp): max. 1‰ Infektionsrate, teilweise keine messbaren ERV-Sequenzen aus den 100% Editierten
• statt Zelllinien verschiedener Organe: editierte Zelle klonen oder Keimbahn editieren => neue Schweinerasse?

Nachträge zu KNS027

• Agenten der Geomorphologie
• be-Biber-te Landschaften emittieren CH₄ (weil Bedingungen eben nicht oxidierend sind), sodass menschliche Emissionen entsprechend reduziert werden müssen
• aktuelle (Erste-Welt-)Probleme: Zoff am Biberdamm (MP3, RSS) & Immer mehr Nitrat im Grundwasser (MP3, RSS)
• reduzierendes Milieu der Biberteiche begünstigt Denitrifizierung (Assimilation von NO₃^– in org. Stickstoff oder NH₃, sowie Transformation in N₂O & N₂) und wirkt somit Eutrophierung entgegen
• Julia G. Lazar, Kelly Addy, … Dorothy Q. Kellogg (2015) Beaver Ponds: Resurgent Nitrogen Sinks for Rural Watersheds in the Northeastern United States (Journal of Environmental Quality) DOI: 10.2134/jeq2014.12.0540  (via)

Nachtrag zu KNS030

• Proto-Weeds zeigen frühe Landwirtschaftsexperimente
• Jennifer Hayward (14. Dez. 2015) Millet: the missing piece in the puzzle of prehistoric humans’ transition from hunter-gatherers to farmers (University of Cambridge)
• Hirse offenbar schon vor 10k Jahren in China domestiziert
• von Hirten durch hügeligen Korridor westwärts durch Eurasion verbreitet, sowie südwärts nach Indien
• geringe Ansprüche & schnelle Erntereife => mit nomadischer Viehhaltung kombinierbar
• Radiokarbondatierung & Isotopenanalyse (höre KNS030 Zukunfts- & Vergangenheitsverschmutzung) archäeologischer Hirsekörner, sowie genetische Stammbäume verschiedener Hirsesorten
• erweitertes Modell der Landwirtschaftsentwicklung: Hügel und Flussauen
• kombiniert mit neolithischem, europäischen Getreideanbau => komplexere Siedlungen & “Gesellschaftsvertäge” durch Fruchtfolgen, Arbeitsteilung & Wassermanagement
• Filmtip: The Man from Earth (höre auch NSFW015 & –16)

Empfehlungen

• neue Bio-Podcasts: Zellkultur (RSS) & The Random Scientist (RSS)
• NFM15 Sabine Geithner (RSS)
• Katrin war zu Gast beim OpenScienceRadio & Damals(tm)
  • Korrekturlesen von PDFs mit pdftotxt & grep automatisieren
• Ian Morris’ Theory of Everything: evolution, history and the shape of things to come
  • Geographie beeinflusst zivilisatorische Entwicklung, aber letztere beeinflusst, was erstere bedeutet & bewirken kann
• Douglas Adams & Mark Carwardine: Last Chance to See / Die Letzten ihrer Art
• Podcasts über Klimawandel & Anthropozän: ForecastPod: “[H]ow to — and how not to — use language to most effectively communicate climate science”, sowie climate one, Hot & Bothered, Warm Regards, Generation Anthropocene
• DLF Feature über Riesenviren

Andere relevante Episoden / Related episodes

• KNS014 - Seesternzombies
• KSL001 Micro-structure of bacteria-induced Achnanthidium minutissimum capsules
• KNS028 Der Tod auf der zweiten Seite von Google
• KNS019 - Ein Protein sie beide zu knechten!